Программное обеспечение (ПО) составляет неотъемлемую часть любой автоматизированной системы. От качества, разработанного ПО, зависит, в значительной степени, функциональность установки, удобство управления оборудованием, полнота получаемых данных - все это может влиять на качество конечного продукта, производимого технологической установкой.
Поставляемое ПО разрабатывается непосредственно под требования заказчика, с учетом собственного опыта и наработок. Разработка ведется c использованием современного иснтрументария, что обеспечивает достаточную надежность и максимальную гибкость программного обеспечения. Наработанная база позволяет в кротчайшие строки создавать управляющее ПО с базовым набором функций.

Типовыми элементами ПО можно назвать модули управления энергокомплексом и комплексом автоматизации вакуумной системой. Все элементы интерфейса управления строятся с учетом использования ПО совместно с сенсорным дисплеем, что значительно упрощает работу оператору. Информация, поступающая от технологических контроллеров автоматизированной системы, которыми являются контроллер вакуумной системы (КВС), контроллер технологических источников КТИ и другие, выводится на интерфейсе системы, как в цифровом, так и в аналоговом виде (с помощью цифровых и стрелочных индикаторов).
Управление вакуумной системой выполняется с помощью «мнемосхемы вакуумной системы». Каждый элемент мнемосхемы представляет собой интерактивный элемент, который не только отражает состояние элемента схемы, но и позволяет генерировать управляющее воздействие для КВС.
На этапе проектирования в каждый элемент закладываются свойства его алгоритм работы, какие состояния он может принимать, и при каких условиях.
Алгоритмы работы технологических установок и оборудования, заложенные в разрабатываемом ПО, позволяют отслеживать, предупреждать и предотвращать ошибочные действия оператора. В случае отсутствия ответной реакции оператора программа переводит систему в безопасное состояние, при этом оператор получает сообщение об аварийной ситуации и включается звуковое оповещение. При аварийной ситуации требующей немедленного реагирования оператора, включается аварийная сигнализация.

К дополнительным модулям, ставшими уже постоянными, стали модули «пользовательских управляющих программ» и «хронология». Модуль пользовательских программ позволяет оператору самостоятельно задавать программную последовательность изменения любых параметров системы. С помощью этого модуля можно создавать алгоритмы наиболее часто используемых последовательностей управляющих воздействий, технологических процессов. Например, для вакуумной схемы автоматизируется процесс откачки камеры.
Автоматизация элементов технологического процесса позволяет облегчить труд оператора и снизить влияние человеческого фактора на технологический процесс. При этом управляющее ПО может иметь не только линейную структуру, но и ветвления в зависимости от текущего состояния или аварийных ситуаций.
Модуль хронологии отслеживает в хронологическом порядке изменения параметров в ходе технологического процесса. Изменения можно наблюдать в графическом виде на соответствующем экране. Все получаемые данные сохраняются в виде файлов и могут быть просмотрены в любое удобное время.
Кроме стандартных модулей, могут быть встроены и любые другие. Например, ПО может содержать модули: управления манипулятором, цифровой осциллограф с анализатором сигналов, вывод изображения с встроенной видеосистемы, и другие.